Metsähallitus ennallistaa Repovedellä mm. metsiä, pienvesistöjä ja myös suoalueita. Repoveden alueen talousmetsiä palautetaan luonnontilaan mm. pienaukotuksin ja ennallistamispoltoin. Ennallistaminen aloittaa metsän luontaisen kehityksen alusta ja lisää erityisesti lahopuusta hyötyvien eliölajien kirjoa.
Kansallispuistossa on toteutettu myös pienvesin kunnostamista, jolloin aikaisemmin avattuja koskiosuuksia on palautettu luonnonmukaiseen tilaan siirtämällä kiviä takaisin virtaan. Myös puiston alueella olevaa suurta avolähdettä on pyritty palauttamaan luonnontilaiseen tilaan.
Pienvesien ennallistamiseen liittyen myös ojitettuja soiden ojia padotaan. Ojien patoamisilla pyritään lisäämään mm. rahkasammalia.
Sikoniementien eteläpuolisella alueella on toteutettu suolla olevan ojan patoaminen. Samalla puita kaadettiin juurineen, jolloin toteutettiin myös pienaukotusta sekä tuotettiin lahopuuta.
Sikoniementien eteläpuolella on toteutettu useampaakin ennallistamista samalla kertaa, joilla on pyritty mm. vapauttamaan lehtipuille kasvualaa.